Les variants du virus de la COVID-19

Un variant est un virus qui affiche des modifications génétiques par rapport à une version « originale » du virus. Dans le cas de la COVID-19, la version originale est celle apparue en Chine à la fin de l’année 2019. Le chromosome du SRAS-CoV-2, qui contient le matériel génétique, peut être décrit comme un mot de 30 000 lettres de long, composé des 4 lettres A, U, G et C. C’est l’ordre exact de ces lettres qui détermine la structure des 15 gènes responsables de la fabrication des protéines du virus. Toute modification, même minime, de cette longue séquence de lettres est susceptible d’apporter des modifications à l’une ou à l’autre de ces protéines.

Lorsque le virus se réplique, une copie du chromosome original est intégrée aux nouvelles particules virales, mais chaque copie est susceptible de contenir une ou plusieurs erreurs qui la distingueront de la version originale. Ce sont ces différences qu’on appelle des mutations. Certaines de ces mutations seront « létales » et empêcheront la formation de nouvelles particules virales. D’autres mutations seront transmises à des générations complètes de nouveaux virus, que l’on appelle « variants ».

La grande majorité des variants (plus de 4 000 identifiés dans le monde à ce jour) présentent un comportement très semblable à celui du virus original et ne sont donc d’aucun intérêt pour la santé publique. D’autres, comme les variants Alpha (britannique), Bêta (sud-africain), Gamma (brésilien), Delta (indien) et Omicron (découvert en Afrique du Sud), sont plus préoccupants parce qu’ils modifient la fameuse protéine S (spike), responsable en bonne partie de l’infectiosité du SRAS-CoV-2. Le problème, c’est que les vaccins administrés jusqu’à maintenant ciblent la version originale (sans mutations) de la protéine S du virus. Ils pourraient donc ne nous protéger que partiellement contre les nouveaux variants dont la protéine S est différente.

Pour détecter chaque nouvelle mutation du virus, il faut déterminer l’ordre des 30 000 lettres composant le chromosome du virus et le comparer à l’ordre du chromosome original. C’est ce qu’on appelle le séquençage. On peut ainsi identifier tout nouveau variant. Le criblage, quant à lui, permet de repérer plus rapidement des variants connus en analysant seulement la portion du chromosome qui contient la mutation.