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Petit Guide Biron — 7 minutes

Une alimentation adaptée à votre microbiome

16 octobre 2025

Les nutritionnistes-diététistes d’ÉquipeNutrition

Saviez-vous que votre intestin abrite des milliards de micro-organismes qui jouent un rôle essentiel dans votre digestion, votre immunité et même votre énergie? Ce vaste écosystème, qu’on appelle le microbiome intestinal, influence la façon dont vous absorbez les nutriments, votre métabolisme et parfois même vos humeurs.

Chaque personne possède un microbiome unique, un peu comme une empreinte digitale. C’est pourquoi deux personnes qui mangent la même chose peuvent réagir très différemment : l’une se sentira énergisée alors que l’autre pourra ressentir des inconforts digestifs.

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À quoi sert un microbiome en bonne santé?

Un microbiome équilibré (eubiose) joue un rôle clé dans le bien-être global [1]. Lorsqu’il est en bonne santé, il peut :

  • Réduire l’inflammation en agissant sur le système immunitaire.
  • Soutenir la santé digestive en facilitant la digestion et l’absorption des nutriments.
  • Contribuer à une meilleure gestion du poids grâce à son influence sur le métabolisme et la satiété.

À l’inverse, un microbiome déséquilibré (dysbiose) peut entraîner [2] :

  • Ballonnements et inconforts digestifs.
  • Fatigue persistante liée à un déséquilibre énergétique.
  • Troubles digestifs variés, comme la constipation ou la diarrhée.
  • Un risque accru de maladies chroniques, notamment métaboliques ou inflammatoires.

Une alimentation sur mesure : plus qu’une tendance

Jusqu’à récemment, on parlait surtout d’alimentation équilibrée. Aujourd’hui, grâce aux avancées scientifiques, il est possible d’aller plus loin et d’adapter son alimentation à son profil unique de microbiome.

Un test du microbiome intestinal fournit des informations sur les micro-organismes présents dans votre système digestif. Selon le type de test, il peut révéler :

  • Diversité microbienne : la variété des bactéries et autres microbes dans votre intestin
  • Équilibre entre microbes bénéfiques et potentiellement nuisibles
  • Forces et faiblesses digestives : par exemple, la façon dont votre intestin traite les fibres, les glucides et d’autres nutriments
  • Recommandations potentielles en matière d’alimentation et de mode de vie : basées sur les déséquilibres et les schémas identifiés

C’est une façon concrète d’optimiser vos choix alimentaires selon ce qui fonctionne le mieux pour votre corps. On peut considérer les recommandations générales comme un point de départ, mais chaque personne est différente : le « taille unique » n’existe pas ! Ce type de test complète ces conseils en mettant en lumière votre profil individuel et facilite la mise en place d’une routine alimentaire qui respecte vos besoins et votre réalité quotidienne.

Comment vos bactéries peuvent influencer vos choix alimentaires

Chaque microbiome est unique, mais voici quelques exemples concrets de résultats et de recommandations adaptées qu’un(e) nutritionniste-diététiste pourrait suggérer :

Exemple 1 : Diversité faible

Si votre microbiome manque de variété bactérienne, augmenter les fibres, les aliments fermentés et les polyphénols [3] est une bonne stratégie pour l’optimiser. Ces nutriments servent de carburant aux bonnes bactéries, les aident à se multiplier et favorisent un meilleur équilibre intestinal :

  • Au déjeuner : préparez un bol de gruau avec des flocons d’avoine, des graines de chia et une poignée de bleuets ou de framboises (polyphénols). N’hésitez pas à compléter avec du yogourt ou du kéfir pour augmenter la variété de bactéries.
  • Au dîner : remplacez le riz blanc par du quinoa ou de l’orge et accompagnez-le d’une poêlée de pois chiches et de légumes colorés comme les poivrons ou les betteraves.
  • En collation : optez pour une poignée de noix variées (amandes, pacanes, noisettes), riches en fibres et polyphénols.
  • Au souper : essayez le tempeh dans une sauce à spaghetti, intégrez des lentilles dans une soupe-repas, ou servez une salade de légumineuses avec une vinaigrette à base de miso, un aliment fermenté bénéfique pour la santé intestinale!

Ces petits gestes, répétés jour après jour, nourrissent vos bactéries bénéfiques et diversifient votre flore. Avec le temps, cela peut se traduire par une meilleure digestion, moins de ballonnements et plus d’énergie au quotidien.

Exemple 2 : Trop de bactéries associées à l’inflammation

Si certaines familles de bactéries potentiellement nuisibles sont trop présentes, une approche personnalisée consiste à réduire les aliments qui favorisent l’inflammation [4], tout en misant sur des aliments anti-inflammatoires :

  • Réduire les sucres raffinés : remplacer les céréales sucrées, barres chocolatées ou biscuits par des fruits frais, un smoothie aux petits fruits avec yogourt nature ou essayer des recettes maisons réduites en sucre.
  • Réduire les gras saturés : limiter la viande très grasse, les plats frits ou les pâtisseries industrielles; privilégier des protéines maigres comme le poisson, le poulet ou le tofu.
  • Ajouter des aliments anti-inflammatoires : fruits colorés (bleuets, fraises, framboises), légumes variés (carottes, poivrons, tomates), noix et graines (noix de grenobles, graines de lin ou de chia), huiles saines (huile d’olive) et poissons gras (saumon, sardines).

Ces changements simples favorisent la croissance des bonnes bactéries, calment l’inflammation et soutiennent un microbiome plus équilibré.

Exemple 3 : Sensibilité aux glucides fermentescibles (FODMAP)

Les FODMAP (Fermentable Oligosaccharides, Disaccharides, Monosaccharides and Polyols) sont un groupe de glucides, autrement dit, de petits sucres, que certaines personnes digèrent mal [5]. Comme ils ne sont pas complètement absorbés, ils fermentent dans l’intestin et peuvent causer des gaz, des ballonnements et de l’inconfort.

Quand le test révèle que la composition de microbiome favorise une plus grande fermentation des FODMAP, il peut être pertinent de réduire temporairement certains aliments, puis de les réintroduire graduellement selon votre tolérance. L’objectif n’est pas de les éliminer à vie, mais plutôt d’identifier vos déclencheurs personnels afin de mieux comprendre ce que votre corps tolère.

Un accompagnement avec un(e) nutritionniste-diététiste spécialisé(e) en santé digestive est essentiel pour vous guider pas à pas, adapter votre alimentation et éviter les carences nutritionnelles. Ce suivi permet aussi de préserver la diversité de votre microbiome, un élément clé pour votre bien-être global.

Dans le quotidien, privilégier des recettes faibles en FODMAP peut vous aider à réduire les inconforts digestifs, tout en vous permettant de manger des aliments variés et savoureux. Progressivement, vous apprendrez à reconnaître vos limites, à bâtir une alimentation personnalisée et à retrouver une meilleure qualité de vie.

Pour les recettes ci-dessus et d’autres options, consultez ce lien.

Profils variés, conseils personnalisés

Chez certaines personnes, un test du microbiome peut découvrir par exemple un déséquilibre entre certaines familles de bactéries, une faible production de composés protecteurs ou encore une surcroissance de microbes liés à la constipation ou à l’inflammation. Chacun de ces profils entraîne des recommandations alimentaires différentes, adaptées à vos besoins uniques.

De la théorie à votre assiette : l’accompagnement personnalisé

Le test de microbiome fournit de l’information précieuse sur votre santé digestive et globale, mais avec un accompagnement adapté, vous pourrez en tirer pleinement profit. Un(e) nutritionniste-diététiste spécialisée en santé digestive peut vous aider à :

  • Interpréter vos résultats de façon simple
  • Mettre en lumière les éléments prioritaires pour améliorer votre santé
  • Proposer des recommandations concrètes adaptées à vos résultats, vos goûts, votre mode de vie et vos objectifs.
  • Suggérer des substitutions alimentaires réalistes
  • Prévenir les carences
  • Recommander des probiotiques ou aliments fermentés adaptés
  • Et plus encore !
Sources5
  1. Dupont, H. L., Z. D. Jiang, A. W. Dupont, and N. S. Utay. "The Intestinal Microbiome in Human Health and Disease." Transactions of the American Clinical and Climatological Association 131 (2020): 178–197. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7358474/.
  2. Bandopadhyay, P., and D. Ganguly. "Gut Dysbiosis and Metabolic Diseases." In Progress in Molecular Biology and Translational Science, edited by B. Das and V. Singh, 191:153–174. Academic Press, 2022. https://doi.org/10.1016/bs.pmbts.2022.06.031.
  3. Nemzer, B. V., F. Al-Taher, D. Kalita, A. Y. Yashin, and Y. I. Yashin. "Health-Improving Effects of Polyphenols on the Human Intestinal Microbiota: A Review." International Journal of Molecular Sciences 26, no. 3 (2025): 1335. https://doi.org/10.3390/ijms26031335.
  4. Mirhosseini, S. M., A. Mahdavi, H. Yarmohammadi, et al. "What Is the Link between the Dietary Inflammatory Index and the Gut Microbiome? A Systematic Review." European Journal of Nutrition 63 (2024): 2407–2419. https://doi.org/10.1007/s00394-024-03470-3.
  5. Barrett, J. S. "How to Institute the Low-FODMAP Diet." Journal of Gastroenterology and Hepatology 32 (2017): 8–10. https://doi.org/10.1111/jgh.13686.
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